旧劇場版の量産機が人型のエヴァを量産したものに対して、『Mark. しかしその組織や関連企業の実態はなく、陰で操っているのは碇ゲンドウ、すなわちNERVそのものである。 フィールドの正反対のものであり、アダムやリリスといった「生命の起源」たる使徒が展開しており、量産機や初号機はS 2機関を解放することで発生させている。 L排出用の排水口が数点（6〜8個程度）存在し、緊急時には速やかにL. また、日本はそれとは別に「戦略自衛隊」を持つ（後述）。
一方でEVA初号機は、第14使徒・ゼルエルを捕食し直接S 2機関を体内に取り込むことになる（原作壱拾九話）。 第3新東京市• 漫画版においては、に来る前のシンジが預けられていた親戚の家の所在地でもあったが、こちらでは「東京都三鷹市」となっている。
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殲滅した第4使徒の残骸から入手したS 2機関はドイツ支部にて修復され、米国NERV第2支部においてEVA4号機への搭載実験が行なわれるが、その実験中に原因不明の事故により4号機はおろか周囲89キロ、NERV第2支部ごと消失してしまう。
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それゆえ視聴者による解釈も様々であり、放映当時は、、個人サイトなどで人類補完計画や最終話にまつわる独自の考察を発表する者も多かった。 MAGIの計算によるこの作戦の成功確率は、8. その一方でゲンドウはリリスの魂を移植していたに融合することによって神の力を獲得し、全人類をひとつの生命体へと進化させようとした。 ウィンド対策をしておくと安心！ ウィンドに引き寄せられた先では、防御ダウンさせられてしまいます。
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また、 最後の使徒：カオルは、「アダムの魂」が入っているとされています。 ゼーレは、その予言を「シナリオ」として、シナリオ通りに「人類補完計画」を進めようとしているわけです。
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英名表記は Japan Strategy Self Defence Forces、略して「J. 考えられる理由の第一は、 リリスが、「単なる」ヒトではなく、 「ヒト」の根源たる生命体であったために 第八話で、第六使徒が第一使徒アダムの再生された肉体を感知して、 それを運ぶ国連車の戦艦と衝突する結果となったように、 あらゆる人々に、リリスに対する 持別な反応を起こす素養が備わっているという考えである。
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かつて第一始祖民族と呼ばれる高度に進化した生命体がいた。 その実験の過程において事故が発生し、ユイは初号機と融合してしまい、ユイという人間は永遠に失われることとなってしまった。
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南極で行われた実験では見事に人間の遺伝子をアダムにダイブさせて融合し、神の力を作り出すことに成功。 以下、第25話の台詞の一部 ゲンドウ「虚無へ帰るわけではない。 ） わざわざ「リリス本体」と書かれているのは、『リリス』は魂と体を分離されており、魂は綾波レイの中に入れられています。