ルイスはバイソラックス複合遺伝子の中に存在する時間的、空間的な順序における遺伝子のコリニアリティーと、それに支配される体節の領域を発見した。 すなわち，図５に示すように，1つの Hox遺伝子の欠損により，その遺伝子の発現境界の領域は一つ前方の領域と同じ組み合わせの Hox遺伝子群を発現していることになり，前方の形質を示すという解釈である。 ホメオボックスは，遺伝子産物が核内でDNAと結合するためのアミノ酸配列を決めており，遺伝子発現の調節に関わって広範な生物の発生分化に重要な役割をもち，進化的によく保存されてきた領域と考えられる。
実際，大腸がんなどいくつかのがんについて，そのがんの発現を指令する遺伝子と，その発現を抑制する遺伝子の存在が明らかになった。 これらのmRNAは、タンパク質でその場所に係留されていて、拡散しないようになっている。
HoxB1が発現する後脳のロンボメア4は顔面神経の分化と関連しており，これらの疾患と HoxB1の異常の関連性が示唆される。 パフの位置では RNA の存在が確かめられている。
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に類似して、ホメオボックス遺伝子はの呼び出しに似ていると考えることができる。 がんの場合も単純ではないだろう。 ショウジョウバエのホモログである orthodenticle otd , empty spiracle ems も頭部の形態形成にかかわっていおり，それらの欠失により頭部の上皮，神経系で特定の分節が失われる。
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これによって、目は腹部ではなく頭部に、脚は頭部ではなく側部に形成されることになる。 図 １ ホメオドメインとDNAの結合の模式図：ショウジョウバエのengrailedのホメオドメインとDNAとの結合の模式図を示す。 第1指が欠失し，第5指が2本あり，手根骨の凝集が不十分である。
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Halder G, Callaerts P, Gehring WJ : Science 267 : 1778-1792, 1995• これらはヒト，マウスなどで様々な呼び名が使われていたが，最終的に HoxA, HoxB, HoxC, HoxDと統一され，全ての脊椎動物で共通した名前を使う。
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